Las relaciones diplomáticas entre la Soberana Orden de Malta y la República de Chile fueron oficialmente establecidas en 1955.

En abril de 1990, el Gran Maestre de la Orden de Malta Fra’ Andrew Bertie visitó Chile como parte de una gira por América Latina que incluyó Paraguay, Uruguay, Brasil y Argentina.

Un avance importante tuvo lugar en 2011, cuando la Soberana Orden de Malta y la República de Chile firmaron un Memorando de Entendimiento destinado a coordinar actividades humanitarias durante desastres naturales. Este acuerdo se enmarcó en una red humanitaria internacional e implicó la cooperación entre la Orden, el Ministerio de Relaciones Exteriores de Chile y la Oficina Nacional de Emergencia (Onemi).
Ese mismo año, en noviembre de 2011, el Gran Maestre Fra’ Matthew Festing visitó Chile y fue recibido oficialmente por el Presidente Sebastián Piñera. Lo acompañaban el Gran Canciller Jean-Pierre Mazery y el Gran Hospitalario Albrecht von Boeselager. La delegación de la Orden también se reunió con importantes autoridades religiosas del país, como el Cardenal Jorge Arturo Medina Estévez, el Arzobispo de Santiago Ricardo Ezzati Andrello, y el Nuncio Apostólico Arzobispo Ivo Scapolo. Además, visitaron proyectos humanitarios desarrollados por la Orden en Chile.

En 2012, Fernando Schmidt, entonces Viceministro de Relaciones Exteriores de Chile, visitó la Soberana Orden de Malta y fue recibido por el Gran Canciller Embajador Leoncini Bartoli.